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Épidémiologie et génomique microbienne

Le service d’épidémiologie et de génomique microbienne a pour objectif majeur d’assurer, au niveau national, la surveillance épidémiologique et génomique de pathogènes microbiens d’un intérêt de santé publique, que ceux-ci soient d’origine alimentaire où pour lesquels il existe un vaccin. Le suivi de ces deux types de pathogènes est d’une importance cruciale car il va permettre aux autorités sanitaires d’intervenir rapidement face à des phénomènes épidémiques.

La surveillance de pathogènes microbiens comme objectif majeur

L’objectif principal de ce service est d’assurer au niveau national la surveillance épidémiologique et génomique de pathogènes microbiens d’un intérêt de santé publique. Il se concentre principalement sur deux grands groupes de pathogènes infectieux, ceux d’origine alimentaire et ceux pour lesquels il existe un vaccin. Le suivi de ces deux types de pathogènes est d’une importance cruciale car il va permettre aux autorités sanitaires d’intervenir rapidement face à des phénomènes épidémiques.

À l’origine de la surveillance des pathogènes d’origine alimentaire (comme les bactéries Salmonella1 et Campylobacter2), les laboratoires de biologie médicale transmettent les bactéries isolées de leurs patients. Ces empreintes génétiques sont par la suite réalisées et transférées aux autorités compétentes. Si plusieurs patients ont été intoxiqués par une bactérie présentant la même empreinte génétique, il y a suspicion d’une source commune d’infection, restant à identifier, à éliminer et à prévenir. Dans une telle situation, les instances nationales (Direction de la santé) et internationales (European Centre for Disease Control, ECDC) sont informées et nous soutenons les enquêtes.

Une action en collaboration avec d’autres laboratoires

En parallèle, la collaboration avec les laboratoires vétérinaires et alimentaires permet d’enrichir notre base de données avec les pathogènes isolés en routine dans les différents maillons de la chaîne alimentaire. Ces données sont aussi transmises dans une base de données européenne alimentaire gérée par l’European Food Safety Authority.

Une nouvelle méthode transversale

Récemment le service a mis en place une nouvelle méthode, le NGS (Next Generation Sequencing) qui permet de comparer les génomes microbiens avec une résolution inédite. Le grand avantage de cette méthode transversale est de pouvoir l’appliquer à tous types de microbes tels que bactéries, virus, etc. Avec cette méthode, déjà plus de 1.000 souches microbiennes ont été séquencées, dont principalement des campylobacters2, le germe le plus fréquemment isolé chez des patients souffrant de diarrhées aigües.

Et depuis quelques années, des données génétiques de plus de 4.000 souches bactériennes ont été soumises dans diverses bases de données internationales accessibles aux chercheurs épidémiologistes et microbiologistes du monde entier.

De nombreux projets de recherche couronnés de succès

Le service est également très actif dans le domaine de la recherche. Depuis 2003, il a réalisé avec succès 8 différents projets de recherche, dont 4 financés par le Fonds National de la Recherche et 2 par l’Union européenne, en collaboration avec des chercheurs luxembourgeois et internationaux. En partenariat notamment avec le service de cytologie gynécologique, le Planning familial et des experts belges, il mène actuellement un projet de recherche concernant l’impact de la vaccination sur la prévalence des papillomavirus humains.

Par ailleurs, le service contribue régulièrement à des publications représentatives de ses domaines d’expertise.

1 Selon l’OMS, la bactérie Salmonella est l’une des 4 causes principales de maladies diarrhéiques dans le monde. La plupart des cas de salmonellose sont bénins, mais il arrive parfois que la maladie engage le pronostic vital.

2 Selon l’OMS, cette bactérie est l’une des 4 principales causes mondiales de maladies diarrhéiques. Elle est considérée comme la cause bactérienne la plus courante de gastroentérite humaine de par le monde.

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