Le jeudi 8 juin 2017 est paru sur le site en ligne de Eurosurveillance, une revue scientifique publiée par l’European Center for Disease Prevention and Control (ECDC), un important article consacré à la surveillance globale des infections d’origine alimentaire comme les salmonelloses. Relayée sur Internet et dans les médias sociaux, cette publication, à laquelle a participé Joël Mossong, responsable du service d’épidémiologie et de génomique microbienne du Laboratoire national de santé (LNS), marque un tournant important dans la lutte contre les infections alimentaires au niveau mondial.
Depuis plusieurs années, PulseNet International, un réseau international regroupant des instituts de santé publique et des laboratoires de contrôle – y compris le LNS –, s’efforce de mettre en place une surveillance en temps réel des infections d’origine alimentaire en utilisant des empreintes génétiques pour pouvoir réagir en conséquence. Dans un monde de plus en plus global où les distances se réduisent grâce à l’essor des voyages et du fret aérien, les maladies d’origine alimentaire ne connaissent plus de frontières et peuvent très rapidement se propager aux quatre coins de la planète.
Jusqu’il y a peu, la principale technique utilisée par PulseNet International était l’électrophorèse en champ pulsé qui permet de séparer les fragments d’ADN suivant leur taille. Cette technique utilisée pendant 20 ans a permis de sauver de nombreuses vies. A présent, comme le détaille l’article dont il est fait mention ci-dessus, PulseNet International adopte une nouvelle technique plus performante : le séquençage du génome entier des bactéries. Ce processus, qui permet de rapidement déterminer le génome complet d’une bactérie, offre une meilleure concordance épidémiologique créant ainsi une identification à très haute résolution – jusqu’à 5 millions de données par génome ! – des bactéries impliquées dans ces épidémies.
En voie de standardisation au sein de PulseNet International, cette nouvelle technique a déjà fait ses preuves et a permis d’apporter une réponse rapide et adaptée à une épidémie alimentaire grâce à un traçage particulièrement efficace de la contamination. Ainsi, en étroite collaboration avec l’European Center of Disease Control et l’Institut Robert-Koch en Allemagne, le LNS a pu détecter la présence d’une salmonelle dans une pâte de sésame bio dont le sésame avait été contaminé et qui avait transité par la Grèce et l’Allemagne avant de se retrouver en vente au Luxembourg. Le produit a été immédiatement retiré du marché et seulement quatre personnes au Grand-Duché ont été infectées (http://ecdc.europa.eu/en/publications/Publications/rapid-outbreak-assessment-salmonella-enterica-Greece-14-Jun-2017.pdf).
La publication « PulseNet International: Vision for the implementation of whole genome sequencing (WGS) for global food-borne disease surveillance » est disponible à l’adresse suivante : http://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx?ArticleId=22807