Selon l’Organisation Mondiale de la Santé, Campylobacter spp. est l’une des quatre principales causes de diarrhées d’origine bactérienne dans le monde et l’espèce C. jejuni est impliquée dans plus de 80% des cas humains. La surveillance des profils génétiques circulant au Luxembourg a été mise en place depuis 15 ans. La comparaison des isolats, initialement basée sur une méthode « MLST Plus » (Multi-Locus-Sequence-Typing) réalisée en séquençage Sanger, a révélé de façon inattendue le caractère endémique de certains génotypes impliqués dans les infections humaines. C’est un des nombreux projets de recherche sur lequel travaille l’équipe du service d’épidémiologie et de génomique microbienne du département de microbiologie du LNS.

Dans un premier temps, le but de l’équipe EPIGEM était de vérifier l’existence de ces lignées stables dans le temps, en mettant en place le séquençage de génome entier, associé à des schémas de typage reconnus au niveau international, et ciblant le génome de façon exhaustive. Dans cette étude pilote, l’équipe a sélectionné 4 branches phylogénétiques communément identifiées dans les infections humaines et également présentes dans des sources non-humaines (aliments, animaux et eaux de surface). Les résultats montrent une très bonne concordance entre les 3 schémas de cgMLST (core génome MLST) testés et les résultats suggèrent que les souches partageant un même profil en « MLST Plus » (méthode in-house) et partagent un même « core » génome. Quel que soit le schéma de typage ciblant le génome entier, le signal d’un profil épidémique ou endémique est clairement identifié. Le résultat de cette analyse conforte l’idée qu’il existe une expansion clonale de génomes stables chez Campylobacter, présentant un caractère multi-hôtes et étant à l’origine de la majorité des cas humains identifiés au Luxembourg depuis plus de 10 ans. Ces souches récurrentes suggèrent une capacité à persister dans des réservoirs des sources ou dans l’environnement au cours du temps et nous questionnent sur leur stratégie de survie.

C’est le sujet de recherche sur lequel travaille Morgane Nennig, doctorante au LNS.

Lien vers l’article: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7819963/