Co-fondé par l’Union Européenne (UE), le projet PANDOMIC (i.e. “Implementation of Pandemic Preparedness Plan using Integrated Genomic Surveillance Programs”) est une collaboration européenne entre le Laboratoire national de santé (LNS, Luxembourg), l’Institutul Național de Sănătate Publică (INSP, Roumanie) et l’Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare Medico-Militara Cantacuzino (IC, Roumanie). Il vise à développer la collaboration entre les différents Etats membres en matière de diagnostic et de surveillance afin de renforcer la protection de la population par une meilleure préparation en cas de pandémie.

Du 1^er au 4 juillet 2024, le département Microbiologie du LNS a accueilli trois membres de l’Institutul Național de Sănătate Publică (INSP) basé à Bucarest (Roumanie) : la directrice du LNSP (Laboratorul National de Sănătate Publică) Dr. Teodora Vremera, la biochimiste PhD Raluca Gatej, ainsi que le bio-informaticien Ciprian Ilie. Cette visite, qui s’inscrit dans le cadre du projet européen PANDOMIC, visait à partager les bonnes pratiques sur l’utilisation des données de séquençage afin de caractériser les souches de salmonelles. Le but étant d’identifier les clusters humains de salmonellose et de surveiller les résistances aux antibiotiques des souches circulant dans la chaine alimentaire.

Au cours de la visite, les membres de l’INSP ont pu en apprendre davantage sur les techniques de laboratoire en séquençage et les outils bioinformatiques pour analyser le matériel génétique des bactéries pathogènes. Ils ont alors observé le processus du séquençage nouvelle génération (Next Generation Sequencing – NGS, en anglais) dit « par synthèse », qui permet le déchiffrage du matériel génétique complet d’une bactérie (Whole Genome Sequencing) – information cruciale pour comparer les souches entre elles et identifier les déterminants qui confèrent la résistance aux antibiotiques.

Les outils bioinformatiques facilitent le traitement de volumes importants de données générées par séquençage pour détecter efficacement les souches qui pourraient entraîner un problème de santé publique.  

L’équipe du service de séquençage des pathogènes a également présenté les applications possibles avec le séquençage dit de troisième génération, aussi appelé « technologie à lectures longues ». Ce nouvel équipement offre une meilleure résolution dans l’analyse du matériel génétique bactérien. Il permet une meilleure identification des gènes potentiellement transférables au sein d’une même espèce ou d’une espèce à l’autre dans le contexte de toute la chaine alimentaire.

D’un point de vue général, cette visite a permis aux participants de l’INSP d’échanger avec leurs collègues du LNS sur les meilleures stratégies à adopter pour identifier les risques liés à la résistance aux antibiotiques.

Un grand merci à Dr. Catherine Ragimbeau (Scientifique en génomique bactérienne) pour le contenu scientifique de cette visite ainsi qu’aux membres du département Microbiologie du LNS pour leur accueil, en particulier : Dr Ute Aurbach (Cheffe du département Microbiologie du LNS), Ing. Apolline Jouffroy (Cheffe de projet), Arnaud Muller (bio-informaticien), Dr. Jainaba Roussel (Scientifique en génomique bactérienne), Marie Meo (Master Scientifique), Mégane Duman (Laborantine), Noémie Berg (Assistante de recherche), Dr Sibel Berger (Scientifique clinicien, Cheffe du service séquençage de pathogènes).

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