Dr sc. Sibel Berger
- Département
Département de microbiologie - Service
Service de séquençage des pathogènes - Fonction
Responsable de service ad interim - Spécialisation
Virologiste, Dr. Sciences - Téléphone
+352 28100 554 - Email
sibel.berger@lns.etat.lu 
Le service de séquençage des pathogènes se concentre sur la surveillance épidémiologique et génomique, au niveau national, des pathogènes microbiens présentant un intérêt pour la santé publique, notamment ceux d’origine alimentaire, ceux liés à la résistance aux antimicrobiens, les virus transmissibles par le sang tels que le VIH, l’hépatite et les virus respiratoires tels que le SRAS-CoV2 et la grippe.
Le service offre son expertise et ses technologies de pointe en matière de séquençage de nouvelle génération (Next-Generation sequencing / NGS), d’analyse de données bioinformatiques et de reporting grâce à différents experts scientifiques, techniciens, bioinformaticiens et épidémiologistes et grâce à un vaste parc d’équipements de pointe et à divers flux de travail de séquençage avec les plates-formes Illumina et ONT.
Le séquençage peut être utilisé pour caractériser et classer ces différents agents pathogènes. En outre, les données génétiques de ces génomes microbiens sont soumises à diverses bases de données internationales accessibles aux chercheurs, aux épidémiologistes et aux microbiologistes du monde entier. Le suivi de ces types d’agents pathogènes et l’identification des souches ou des variants sont essentiels, car ils peuvent aider les autorités sanitaires à réagir rapidement en cas de clusters. À des fins de diagnostic, le séquençage de nouvelle génération peut également être utilisé pour rechercher des mutations de résistance afin de détecter la présence de variants résistants aux antirétroviraux du VIH.
Lorsque des agents pathogènes d’origine alimentaire (tels que la salmonelle et le campylobacter) sont détectés, les laboratoires de biologie médicale transmettent les bactéries isolées de leurs patients à notre laboratoire. Nous déterminons les empreintes génomiques et transmettons les résultats aux autorités nationales et internationales compétentes. Si plusieurs patients sont malades à cause de bactéries ayant la même empreinte génomique, il y a suspicion d’une source commune d’infection qu’il convient d’identifier, d’éliminer et de prévenir. Dans ce cas, les autorités nationales (le ministère de la santé) et internationales (le Centre européen de contrôle des maladies, ECDC) sont informées et l’unité soutient leurs investigations. Parallèlement, nous collaborons avec des laboratoires vétérinaires et alimentaires pour enrichir notre base de données de pathogènes avec des isolats non humains provenant de la chaîne alimentaire. Ces données sont également transmises à la base de données alimentaire européenne gérée par l’Autorité européenne de sécurité alimentaire (EFSA). Cette surveillance dans le cadre du concept « Une seule santé » nous permet de détecter les clusters humains et de faire le lien avec l’alimentation et la production animale.
Depuis plusieurs années, nous jouons un rôle essentiel dans la surveillance sentinelle des virus respiratoires.
En 2021, nous avons été désignés comme laboratoire national de référence pour les infections respiratoires aiguës par le ministère de la santé pour une durée de 7 ans.
Pour les virus de la grippe et du SRAS-Cov2, le LNS est le seul laboratoire du pays à diagnostiquer et à catégoriser ces virus par séquençage à l’aide de la technologie de séquençage d’amplicons de nouvelle génération. Toutes les données sur les souches ou lignées ayant circulé au Luxembourg ont été envoyées aux autorités nationales (Ministère de la Santé) ainsi qu’aux autorités européennes et mondiales (ECDC et OMS) afin de leur permettre d’effectuer un suivi épidémiologique global et pour la grippe de déterminer les souches appropriées à inclure dans le vaccin pour la prochaine saison épidémique.
Fin 2022, le LNS, en collaboration avec le Centre Hospitalier de Luxembourg (CHL) et l’Inspection Sanitaire (INSA), a été désigné par le Ministère de la Santé comme Laboratoire de Référence pour le VIH et les hépatites virales.
Pour le VIH, le séquençage de régions d’intérêt de son génome nous permet d’identifier la présence éventuelle de mutations spécifiques conférant une résistance à des médicaments antirétroviraux spécifiques. Nous avons donc une mission cruciale dans le diagnostic et le suivi des infections par le VIH en alertant les cliniciens sur la présence ou non de certaines résistances aux antirétroviraux, leur donnant l’information pour adapter ou réadapter ensuite un traitement spécifique pour une personne séropositive avec une charge virale VIH positive dans le sang. De plus, la technologie du séquençage à haut débit ou du séquençage profond permet de fournir des résultats plus précis sur la présence de ces variants résistants, même s’ils sont présents en minorité dans la population virale. Pour les hépatites, cette approche de séquençage sera également utilisée pour déterminer le génotype et rechercher des mutations de résistance sur le même principe que pour le VIH.
Garantir la qualité de nos services est très important dans nos activités.
Depuis mars 2023, le service est accrédité par OLAS sous le numéro 1/047 selon la norme ISO/IEC 15189 – testing. L’annexe technique est disponible sur le site https://portail-qualite.public.lu/fr/accreditation-notification/organismes-accredites/laboratoires/lns-virologie.html
Pour le séquençage, les activités accréditées sont :
Le service est impliqué dans plusieurs projets de recherche européens et nationaux. Nous contribuons régulièrement à des publications dans nos domaines d’expertise, avec actuellement plusieurs articles, posters et rapports techniques.
De plus, le Service est en charge de divers cours sur les techniques moléculaires à la Faculté de Médecine de l’Université du Luxembourg et de formations théoriques et pratiques pour le séquençage et les analyses bioinformatiques.