Les résultats publiés confirment la fiabilité des méthodes bioinformatiques basées sur le WGS

Le Laboratoire national de santé (LNS) a une nouvelle fois contribué à une revue scientifique internationale en tant que co-auteur. L’étude, désormais publiée dans le prestigieux Journal of Antimicrobial Chemotherapy, porte sur les tests de sensibilité aux antibiotiques, et plus particulièrement sur le développement d’un outil bioinformatique en ligne permettant de définir la résistance aux antibiotiques d’une souche bactérienne à partir des données de la séquence complète de son génome (Whole Genome Sequencing – WGS).

L’étude a réuni des laboratoires, des universités et d’autres acteurs de la recherche de plusieurs pays européens et des États-Unis. La contribution du LNS a été dirigée par le Dr sc. Catherine Ragimbeau et Joël Mossong PhD du service d’épidémiologie et de génomique microbienne. Les microbiologistes ont travaillé en collaboration avec le Laboratoire de Médecine Vétérinaire de l’Etat (LMVE), également basé à Dudelange.

95 % de concordance avec les tests de laboratoire conventionnels

L’objectif de cette collaboration était de démontrer la fiabilité du WGS par rapport aux méthodes traditionnelles de laboratoire, comme l’explique Catherine Ragimbeau : « Le WGS nous permet d’obtenir des antibiogrammes in silico de manière simple, à savoir en utilisant les données génomiques de la souche. Le programme peut identifier non seulement les gènes responsables de la résistance aux antibiotiques, mais aussi les mutations génétiques qui peuvent également conférer cette résistance. Actuellement, les tests in vitro sont basés sur la culture de la souche en présence des molécules antimicrobiennes à tester, mais cette méthode conceptuellement simple souffre de certaines limites qui nuisent à la reproductibilité des résultats. En parallèle, ces tests phénotypiques connaissent aussi des limites liées à un manque d’harmonisation entre les différentes organisations sur les panels d’agents antimicrobiens à tester et sur les critères d’interprétation. »

Afin d’obtenir un résultat représentatif, un large panel de souches d’origine humaine et animale a été validé avec le WGS – avec des résultats significatifs, souligne Catherine Ragimbeau : « La concordance entre les résultats de WGS et ceux des tests de laboratoire est de 95%. De plus, les quelques différences observées sont principalement dues à un problème de qualité de la séquence. Le résultat est que les tests de sensibilité aux antimicrobiens du WGS sont dans la plupart des cas aussi fiables que les méthodes conventionnelles. »

Des capacités de recherche diversifiées, basées au Luxembourg

C’est la deuxième étude à laquelle participe le LNS à être publiée dans une revue internationale dans un laps de temps très court, comme l’explique le professeur Dr Friedrich Mühlschlegel, directeur du LNS : « En août, une étude sur la répartition géographique et temporelle des clades du SRAS-CoV-2 en Europe a été publiée dans Eurosurveillance, la publication spécialisée en maladies infectieuses. Cette étude a également documenté nos contributions à la lutte contre le problème médical majeur de 2020, la COVID-19. Avec ce document sur la sensibilité aux antibiotiques, nous démontrons à notre tour notre expertise concernant les questions à long terme. Tous deux soulignent le rôle du LNS en tant que première institution au Luxembourg pour de tels projets internationaux. »

Lien vers l’article : https://academic.oup.com/jac/advance-article/doi/10.1093/jac/dkaa345/5890997