2022 12-02
![[Rapport annuel 2020] LE QUOTIDIEN ET LES PROJETS DE RECHERCHE : LE RÔLE DU DÉPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE EN 2020](https://lns.lu/wp-content/uploads/2021/10/tageblatt-11-of-30-1280x960.jpg)
L’année 2020 a été marquée par la COVID-19. Et s’il y a un département du LNS pour lequel cela a été particulièrement vrai, c’est bien celui de la microbiologie. 
Les tâches des équipes de microbiologie étaient très variées et n’ont cessé d’évoluer au cours de l’année. Alors que le département a joué un rôle-clé dans la réalité quotidienne et opérationnelle de la lutte contre le virus, son expertise a également été sollicitée pour divers projets de recherche.
« Dès le début de notre lutte contre la COVID-19, les virologues se sont retrouvés au cœur du travail du département », se souvient le Dr Trung Nguyen Nguyen, responsable du service de virologie et sérologie. « Notre équipe a effectué tous les tests transmis au LNS. Les deux autres services de notre département, ainsi que les autres départements du LNS, ont soutenu leurs collègues virologues aussi bien sur le plan technique que scientifique. »
Ce rôle comprenait toute une série de mesures concrètes sur le terrain, adaptées à l’évolution de la situation, poursuit Trung Nguyen Nguyen : « Au printemps, nous avons effectué des tests dans l’ensemble des établissements de retraite et de soins du Luxembourg pour le compte de la Direction de la santé, afin de contrer la propagation du virus dans cet environnement vulnérable. Environ 10 000 tests ont ainsi été effectués, tant sur les résidents que sur le personnel soignant. »
Les plus jeunes ont fait l’objet d’une initiative conjointe du LNS et de la Ligue Médico-Sociale (Ligue) en novembre : « Une campagne de dépistage, destinée aux enfants âgés de deux à six ans, a été menée dans les Centres Médicaux-Sociaux (CMS) de la Ligue. Les échantillons ont ensuite été transportés au LNS, où nous avons procédés aux tests PCR. »
Au cours de l’automne, les collaborateurs du LNS étaient en charge des tests dans le centre de dépistage situé dans l’ancien bâtiment de la Bibliothèque nationale au Kirchberg. Rien qu’entre le 19 et le 26 octobre, 3 038 tests ont ainsi été effectués. Le 5 novembre, le centre de prélèvement du LNS a ouvert sur le site de Dudelange où, aux heures de pointe, plus de 300 prélèvements ont pu être effectués chaque jour. Au total, le LNS a traité 10 879 tests PCR pour les 2 mois d’ouverture en 2020.
L’adoption très rapide de ces initiatives a été rendue possible par les compétences complémentaires disponibles au LNS, ainsi que par une planification préalable, comme l’explique Trung Nguyen Nguyen : « Pour garantir l’excellence et le professionnalisme dans cette situation difficile, le LNS a utilisé le potentiel de son équipe internationale et de ses infrastructures modernes. C’est ainsi que nous avons pu fournir à l’ensemble de la population un système de tests fiables avec un temps d’attente aussi court que possible. »
Cependant, les microbiologistes du LNS n’ont pas seulement mis cette expertise à disposition du déploiement sur le terrain, comme l’explique le Dr Tamir Abdelrahman, chef du département : « Depuis la première identification du SRAS-CoV-2 au Luxembourg, nous avions mis en place un plan de caractérisation des variants circulant dans le pays, sur la base de tous les échantillons disponibles ou adressés au LNS. Cela a fait du Luxembourg l’un des premiers pays européens à s’aligner sur les recommandations de l’ECDC de séquencer 10% de tous les cas positifs – ce qui nous a permis d’être à l’avant-garde des activités de suivi des variants en Europe. »
L’essentiel, poursuit Tamir Abdelrahman, est que le département de microbiologie du LNS a su faire preuve d’excellence dans ses services de séquençage, étant l’un des rares laboratoires à fournir des rapports médicaux détaillant les cas détectés, grâce à une plateforme de pointe mise en place dans l’unité de génomique microbienne (Lux-GEM) : « L’ECDC a cité notre service de virologie comme l’un des quatre seuls laboratoires européens désignés comme laboratoire de soutien pour la COVID-19. »
Dans ce contexte, le département de microbiologie s’est largement impliqué dans la recherche. Au niveau national, le LNS a dirigé l’étude génomique COVID+, dans le cadre de laquelle l’équipe a mis en place une étude rétrospective pour caractériser les variants circulants du SRAS-CoV-2. L’équipe a également apporté son expertise et sa plateforme de microbiologie moléculaire à l’étude CON-VINCE, menée par un consortium d’instituts de recherche qui a étudié la propagation du SRAS-CoV-2 au Grand-Duché.
Au niveau international, Guillaume Fournier du service de virologie et de sérologie, et Joël Mossong, Catherine Ragimbeau et Anke Wienecke-Baldacchino du service d’épidémiologie et de génomique microbienne ont contribué à une étude sur la « Distribution géographique et temporelle des clades du SRAS-CoV-2 dans la région européenne de l’OMS ». Par ailleurs, Tamir Abdelrahman a fait une présentation lors de la conférence ECCVID, l’une des plus importantes plateformes mondiales d’échanges entre microbiologistes. Dans le cadre de ses efforts pour partager les connaissances entre experts internationaux, ESCMID a organisé l’ECCVID en tant qu’événement virtuel pour aborder les travaux relatifs à COVID-19.
Expériences et connaissances, techniques pratiques et conseils – tels étaient généralement les mots magiques qui ont mené au succès dans la lutte contre le virus. Sur cette base, et inspiré par les valeurs de Together LNS, chaque membre de l’équipe est devenu un combattant de la COVID-19, le plus visible étant le département de microbiologie. Les témoignages de Guillaume Fournier et de Anke Wienecke-Baldacchino illustrent bien l’atmosphère tendue mais aussi la motivation qui régnait pendant la pandémie.
« Je suis vétérinaire de formation, mais aussi virologue avec une solide expérience sur la grippe. J’ai rejoint le LNS il y a trois ans en tant qu’adjoint au service de virologie et travaille actuellement en tant que responsable scientifique du département de microbiologie.
Comme tout le monde dans le département j’ai contribué à la lutte contre la COVID-19, en mettant notamment en place la toute première méthode de diagnostic disponible au Luxembourg ainsi que les protocoles pour manipuler les échantillons de SRAS-CoV-2 dans le laboratoire de sécurité de niveau 3 (BSL III) lorsque l’on avait encore peu de recul sur la dangerosité du virus. La mise en place de la LuxMicroBiobank a aussi été une activité indispensable pour gérer l’afflux croissant d’échantillons de SRAS-CoV-2.
Rien de cela n’aurait été possible sans le formidable esprit d’entre-aide et de collaboration que ce soit au sein du LNS avec la réception centralisée, l’informatique, la logistique et les nombreuses manifestations individuelles, mais également à l’échelle du Luxembourg pour différents projets de recherches auxquels j’ai eu la chance de prendre part ou encore au niveau international pour valider les méthodes diagnostiques et échanger les connaissances. »
« Après l’école, j’ai toujours voulu être virologue. Finalement, j’ai suivi ma voie en étudiant la biotechnologie, la bioinformatique et l’épidémiologie. Aujourd’hui, je travaille – entre autres – avec des données relatives aux virus et je fournis au Luxembourg les données de distribution des variants du SRAS-CoV-2. 
Je considère ce combat comme un devoir qui a un impact. En février 2020, j’ai participé à une formation en génomique et virologie clinique au Royaume-Uni. Une fois de retour, j’ai été confrontée au premier échantillon de SRAS-CoV-2 au Luxembourg et à la demande de mettre en place un pipeline d’analyse pour le protocole que j’ai « importé » du Royaume-Uni dans notre laboratoire.
À partir de ce jour, mon travail s’est orienté vers l’analyse des données sur le SRAS-CoV-2. Je constate l’impact et la reconnaissance de ces efforts. Qui plus est, j’ai eu l’occasion de collaborer étroitement avec l’équipe du laboratoire, les partenaires externes et en particulier notre service informatique. Toutes ces collaborations ont constitué et constituent encore une belle expérience. Elles forment une mission commune. »
Téléchargez le rapport annuel 2020 du LNS sous: https://lns.lu/publication/annual-report-2020/
